El Maestro Assassin Ezio Auditore se embarca en un viaje para encontrar la biblioteca perdida de Altaïr, que tal vez tenga la clave para acabar con los Templarios. Sin esperarlo, descubre que la biblioteca también contiene un secreto que pueda ayudar a los Templarios a hacerse con el control del destino de la humanidad.

Para acceder a la biblioteca se precisan cinco llaves que Ezio deberá encontrar en Constantinopla, donde los Templarios suponen una gran amenaza para el imperio otomano. Ezio deberá seguir los pasos de su predecesor, Altaïr, y derrotar por fin a los Templarios.