Nobita quiere demostrarle a su amigo Doraemon que la magia es más poderosa que la ciencia. Ambos viajarán a un mundo donde la magia ha reemplazado a la ciencia para que Nobita vea de primera mano qué ocurriría si la magia existiera de esa forma.

Allí conocerán a Miyoko, una maga que intenta evitar que un meteorito destruya la Tierra. Todos se volcarán en ayudarla para salvar su mundo.