Dos años después de la Gran Guerra Ninja, Shikamaru es una de las personas más importantes de la Villa de la Hoja y lleva una vida muy ajetreada. Un día, una carta lo informa de que se está produciendo una desaparición masiva de ninjas en distintas regiones. Uno de los desaparecidos es Sai. Y no solo eso, al parecer, todos los desaparecidos han acabado en el misterioso País del Silencio. Shikamaru tendrá que hacer frente a las sombras de la nueva generación para proteger a sus seres queridos como ninja y como adulto